Kommunistliku terrori tööriistaks oli Siseasjade Rahvakomissariaat (NKVD vt ka siia), mille osakonnad tegutsesid igas maakonnas. 1941. a alguses lahutati riikliku julgeoleku valdkond NKVDst iseseisvaks Riikliku Julgeoleku Rahvakomissariaadiks (NKGB, vt ka siia). Süüaluste saatuse üle otsustas erikohus, poliitiline tribunal. Eestis tegutses NKVD Balti ringkonna sõjatribunal.

Sõja ja rahu vahel II. Esimene punane aasta. Peatoimetaja E. Tarvel. Tallinn: S-Keskus, 2010.

Poliitilise terrori esimesteks ohvriteks olid pärast bolševike võimuhaaramist Venemaalt Eestisse põgenenud valgekaartlased – ohvitserid, Vene poliitiliste erakondade aktivistid, ettevõtjad jt. Samuti arreteeriti esialgu kõik poolakad, et leida nende seast Poola sõjaväelasi. Poolakaid oli Eestis sadu, sest 1930. aastate lõpul kutsuti suviti Eestisse poola põllutöölised, leevendamaks siinset tööjõupuudust. Kolmandaks kategooriaks olid Eesti poliitilise politsei ametnikud ja poliitilise politsei nii tegelikud kui ka väidetavad agendid peamiselt töölisorganisatsioonides. 1940. a lõpuks oli Eestis juba umbes 1000 poliitvangi.

Arreteerimised jätkusid 1941. a. Nüüd vangistati suurem osa juhtivaid poliitikategelasi, kõrgemad riigiametnikud, ohvitserid, politseinikud, ettevõtjad, jõukamad taluomanikud, majaomanikud, osa haritlasi, seltskonnategelased, nende hulgas eriti Kaitseliidu ja Naiskodukaitse aktivistid jt. Kokku vangistati aastatel 1940–1941 poliitilistel põhjustel kuni 10000 inimest. Need, kelle tribunal oli süüdi mõistnud, saadeti Gulagi vangilaagritesse NSV Liidus, kus enamik neist suri juba enne 1942. a lõppu. Üle 400 inimese mõisteti surma ja lasti maha Eestis. Need, keda ei jõutud tribunali ette saata Eestis, mõisteti süüdi vangilaagrites. Ka nende seas oli sadu surmamõistetuid.

Kommunistliku terrori kulminatsiooniks oli kümnete tuhandete meeste, naiste ja laste küüditamine Eestist, Lätist ja Leedust 14. juunil 1941. Eestist küüditati umbes 10 000 inimest. Ehkki küüditati perekondade kaupa, eraldati perekonnapead juba raudteejaamades ja saadeti Gulagi vangilaagritesse, kus nad süüdi mõisteti ja varem arreteeritute saatust jagasid. Naised, lapsed ja vanurid saadeti sundasumisele Uurali, Kesk-Aasia ja Siberi kolhoosidesse ja metsaküladesse, kus paljud surid nälja, üle jõu käiva töö, külma ja haiguste tõttu. Vähesed ellujäänud said Eestisse tagasi pöörduda alles pärast Stalini surma 1950. aastate teisel poolel.

Meelis Maripuu. Küüditamised Eestis 1941. aasta suvel. – 1941. aasta Eestis. Koostanud T. Hiio. Eesti Sõjamuuseum – kindral Laidoneri Muuseum, 2007.