1940. a aprillis ründas Saksamaa Taanit ja Norrat. Vaatamata norralaste visale vastupanule vallutati riik suve alguseks. 1940. a mais tungisid Saksa väed Luksemburgi, Hollandisse ja Belgiasse ning sealt edasi Prantsusmaale. Juuni keskel langes Pariis ja kuu lõpus Prantsusmaa kapituleerus. Nüüd oli suurem osa Euroopast Saksamaa ja tema liitlaste kontrolli all.

Samal ajal kui Saksa väed valmistusid vallutama Pariisi, alustas NSV Liit Balti riikide okupeerimist. Laupäeval, 15. juunil algas Tallinnas IV Balti nädal, kuhu kogunesid kolme Balti riigi kultuuri-, majandus- ja poliitikategelased. Pool päeva varem, veidi enne keskööd, oli NSV Liit Leedule ultimaatumi esitanud, nõudes täiendava Nõukogude väekontingendi maalelubamist ja uue valitsuse moodustamist. Samasuguse ultimaatumi esitas NSV Liit pühapäeval, 16. juunil Eestile ja Lätile. Ettekäändeks toodi nii eelmisel aastal sõlmitud vastastikuse abistamise lepingu väidetav rikkumine kui ka Balti riikide omavaheline sõjaline koostöö, mille näiteks toodi muu hulgas Balti nädal. Kuigi Leedu, Läti ja Eesti valitsused võtsid ultimaatumi vastu, alustasid kümned tuhanded Punaarmee sõdurid 15. juunil sissetungi Leedusse. Esmaspäeval, 17. juunil sisenesid Punaarmee diviisid Lätisse ja Eestisse. Algas Nõukogude okupatsioon.

Miks vastupanu ei osutatud? Selle üle on väideldud kolmveerand sajandit ja seisukohad ulatuvad ratsionaalsetest argumentidest vandenõuteooriateni. Eelkõige oli „hääletu alistumise“ põhjuseid kolm.

1. Sõjaline vastupanu oli lootusetu nii väikeste relvajõudude kui ka vananenud relvastuse ja nappide varude tõttu.

2. Välistoetuse puudumine – lääneriigid pidasid ise sõda Euroopas ja Saksamaast oli saanud NSV Liidu liitlane. Soome oli NSV Liidult lüüa saanud, Rootsi oli neutraalne ja Balti riikide sõjaväed ei valmistunud ühiseks vastupanuks, sest vaenlasekäsitus oli erinev. Eesti pidas peavaenlaseks NSV Liitu, Läti Saksamaad ja NSV Liitu ning Leedu Poolat ja Saksamaad.

3. Loodeti Saksamaa ja NSV Liidu konflikti peatsele puhkemisele ning iseseisvuse taastamisele pärast sõda. Eelkõige taheti vältida suuri inimkaotusi sõjas NSV Liidu vastu. Ida-Euroopas oli võimalike valikute kohta kolm näidet: Tšehhoslovakkia alistumine ja Poola kangelassurm, aga ka Soome tõrjevõit tohutute kaotuste hinnaga. Soome eeliseks oli palju suurem rahvastik ja sõjavägi ning kaitseks soodsamad loodusolud.

Eesti okupeerimine ei toimunud päris ilma vastupanuta. Praeguse Tallinna 21. Kooli hoones toimus tulevahetus. Koolimajja oli paigutatud Eesti sõjaväe sidepataljon, mis oli pidanud oma kasarmu punaarmeelastele loovutama. Jõuk mässumehi tuli sõduritelt relvi ära võtma, kuid need avasid vastutule. Oli tapetuid ja haavatuid.

Reedel, 21. juunil, neli päeva pärast Punaarmee sissetungi, korraldati NSV Liidu saatkonna ja kohalike Nõukogude käsilaste juhtimisel Tallinnas ja veel mõnes linnas meeleavaldused, kus nõuti uue valitsuse ametissenimetamist. 19. juunil oli Tallinna saabunud Stalini eriesindaja Andrei Ždanov, kes dikteeris president Pätsile uue „rahvavalitsuse“ koosseisu. Valitsus astus ametisse 21. juuni õhtul. Nukuvalitsuse peaministriks sai arst ja pahempoolne literaat Johannes Vares, kirjanikunimega Barbarus. Riigi ja ühiskonna tähtsad sektorid (politsei, sõjavägi, side- ja massikommunikatsioonivahendid) olid kohe pärast okupatsiooni kommunistide ja NSV Liidu esindajate kontrolli alla võetud.

Johannes Vares-Barbaruse nukuvalitsus koosnes nn juunikommunistidest. Nii nimetatakse inimesi, kes asusid 1940. a juunis NSV Liidu poolt ette valmistatud riigipööret Eestis aktiivselt toetama. Vares-Barbaruse valitsuse liikmete seas polnud selle moodustamise ajal ühtki kommunisti, küll aga mitu vasakpoolse maailmavaatega haritlast. Peagi astus enamik neist siiski kommunistlikusse parteisse. Peaministri asetäitjaks sai ajalooprofessor Hans Kruus. Teiste hulgas said ministriteks Nigol Andresen, Maksim Unt, Aleksander Jõeäär ja Neeme Ruus, kes olid juba 1930. aastatel kontaktis Kominterniga.

Kõigis Balti riikides korraldati NSV Liidu esindajate käsul ja järelevalve all üheaegselt, 14. ja 15. juulil, „parlamendivalimised“. Igas valimisringkonnas lubati üles seada ainult üks kandidaat, kes
esindas kommunistide kontrollitud valimisliitu (Eestis oli selleks Eesti Töötava Rahva Liit). Vastaskandidaatide mandaadid Eestis tühistati. Valimistulemusi võltsiti, valima minemast keeldujaid hirmutati. Selle tulemusena oli nii valimisosalus kui ka ainsa valimisliidu võit ebausutavalt ülekaalukas. Nädala pärast, 21. juulil, kogunesid kõigi kolme Balti riigi nukuparlamendid korraga oma esimesele istungile, kuulutasid esimese asjana oma riigid nõukogude sotsialistlikeks vabariikideks ja esitasid NSV Liidule liitumispalve. President K. Päts tagandati ametist, tema kohusetäitjaks sai peaminister J. Vares (K. Päts küüditati juba 30. juulil koos perekonnaliikmetega Venemaale Ufa linna).

1940. a augusti alguses Moskvas kogunenud NSV Liidu Ülemnõukogu istungjärk võttis Balti riikide liitumispalved mõistagi vastu. 6. augustil 1940 liideti Eesti NSV Liiduga. 25. augustil kuulutati nukuparlament – Riigivolikogu – Eesti NSV ajutiseks ülemnõukoguks ja võeti vastu Eesti NSV konstitutsioon, mis oli koostatud NSV Liidu konstitutsiooni eeskujul.

NSV Liidu eesmärk oli Balti riikide likvideerimine ja nende liitmine NSV Liiduga. Sel ajal ei pidanud rahvusvaheline õigus enam sõda riikidevahelise poliitika legaalseks vahendiks, nagu see oli olnud varem. Seetõttu pidi NSV Liit esitama Balti riikide NSV Liiduga liitmist kui siseriiklike protsesside tulemust. NSV Liidu välispoliitiline eesmärk jäi osalt siiski saavutamata. 23. juulil 1940 teatas USA riigisekretäri kohusetäitja Sumner Welles, et USA ei tunnusta Balti riikide NSV Liiduga liitmist. Wellesi avaldusest sai lääneriikide sõjajärgse Balti riikide okupatsiooni mittetunnustamise poliitika alusdokument.